Budowa klasztoru (zwanego najpierw Lechnickim) rozpoczęta została w 1330 roku. Początkowo zabudowania klasztoru wykonane były z drewna. W 1360 roku zostały jednak zastąpione przez budynki ceglane oraz kamienne, wzniesione zgodnie z zasadami stylu gotyckiego. Od koloru nieotynkowanych pierwotnie ścian, budynek nosi właśnie swoją nazwę „Czerwony Klasztor".
Historia klasztoru była bardzo burzliwa – zmagał się z licznymi najazdami, zmianami właścicieli, a także rozbudową za czasów kamdułów, dzięki którym zyskał zabytkową dziś polichromię oraz nowy barkowy wystrój z pięknym ołtarzem. Z tego okresu pochodzą także wybitne dzieła księgarskie.
W 1907 roku klasztor spłonął. Jego odbudowe rozpoczęto po I wojnie światowej. W latach 1955 – 1966 prowadzono prace budowlane przy rekonstrukcji klasztoru. Od roku 1966 cześć jego obiektów służy celom muzealnym. Najbardziej okazałym budynkiem kompleksu jest gotycki Kościół Św. Antoniego z końca XIV wieku, który został w znacznej mierze zrekonstruowany w stylu barokowym.
Warto wybrać się do Czerwonego Klasztoru pieszo lub rowerem ścieżką pienińską wzdłuż Dunajca. Jest to malownicza trasa, idealna dla rodzin, z której możemy podziwiać piękno pienińskiej przyrdy, a w sezonie spływ Dunajcm. Do Klasztoru można także dojechać samochodem.